banner
Центр новостей
Непревзойденное качество обслуживания

И 2

May 20, 2023

Nature, том 612, страницы 283–291 (2022 г.) Процитировать эту статью

126 тысяч доступов

16 цитат

3505 Альтметрический

Подробности о метриках

В эпоху позднего плиоцена и раннего плейстоцена (3,6–0,8 миллиона лет назад1) климат напоминал тот, который прогнозировался в условиях будущего потепления2. Палеоклиматические данные показывают сильное полярное усиление со среднегодовыми температурами на 11–19 °C выше современных значений3,4. Биологические сообщества, населявшие Арктику в это время, остаются малоизученными, поскольку окаменелости редки5. Здесь мы сообщаем о древней записи ДНК6 (eDNA) окружающей среды, описывающей богатые сообщества растений и животных формации Кап Кёбенхавн в Северной Гренландии, датированной примерно двумя миллионами лет назад. Запись показывает открытую бореальную лесную экосистему со смешанной растительностью из тополя, березы и туи, а также множеством арктических и бореальных кустарников и трав, многие из которых ранее не были обнаружены на этом участке по записям макроископаемых и пыльцы. Запись ДНК подтверждает наличие заячьей и митохондриальной ДНК животных, включая мастодонтов, северных оленей, грызунов и гусей, которые являются предками своих современных родственников и родственников позднего плейстоцена. Присутствие морских видов, включая мечехвоста и зеленых водорослей, способствует более теплому климату, чем сегодня. Реконструированная экосистема не имеет современного аналога. Выживание такой древней эДНК, вероятно, связано с ее связыванием с минеральными поверхностями. Наши результаты открывают новые области генетических исследований, демонстрируя, что с помощью древней эДНК можно отслеживать экологию и эволюцию биологических сообществ, произошедших два миллиона лет назад.

Формация Кап Кёбенхавн расположена на Земле Пири, Северная Гренландия (82°24’ с.ш., 22°12’ з.д.), на территории нынешней полярной пустыни. Верхняя толща отложений содержит хорошо сохранившиеся остатки наземных животных и растений, смытые в эстуарий во время более теплого раннеплейстоценового межледниковья7 (рис. 1). Почти 40 лет палеоэкологических и климатических исследований на этом участке дают уникальную возможность взглянуть на период, когда участок располагался в бореальном арктическом экотоне с реконструированными средними летними и зимними минимальными температурами 10 °C и −17 °C соответственно — более 10 °C. °C теплее, чем сейчас7,8,9,10,11. Эти условия, должно быть, привели к существенной абляции Гренландского ледникового щита, возможно, образовав один из последних интервалов, свободных ото льда7, за последние 2,4 миллиона лет (млн лет). Хотя известно, что формация Кап-Кобенхавн содержит хорошо сохранившиеся макрофоссилии из хвойных бореальных лесов и богатую фауну насекомых, следов позвоночных было обнаружено мало. На сегодняшний день они включают останки родов зайцеобразных, их копролитов и жуков Aphodius, которые живут в навозе млекопитающих и на нем10,11. Однако в листовом слое Файлса и бобровом пруду возрастом около 3,4 млн лет на острове Элсмир в арктической Канаде сохранились окаменелости млекопитающих, которые потенциально могли колонизировать Гренландию, таких как вымерший медведь (Protarctos abstrusus), вымершие бобры (Dipoides sp.), небольшой собачий эвцион и арктические гигантские верблюды4,12,13 (похожие на Paracamelus). Был ли пролив Нарес достаточным барьером для изоляции северной Гренландии от колонизации этой фауной, остается открытым вопросом.

а. Расположение формации Кап Кёбенхавн в Северной Гренландии у входа в фьорд Индепенденс (82°24′ с.ш., 22°12′ з.д.) и расположение других арктических участков, содержащих окаменелости плио-плейстоцена (красные точки). б — Пространственное распределение эрозионных остатков 100-метровой последовательности мелководных морских прибрежных отложений между Маддербагтом и невысокими горами на севере (а + б относятся к точкам 74а и 74б). в — ледниково-межледниковое деление осадочной последовательности глинистой пачки А и пачек B1, B2 и B3, составляющих песчаную пачку B. Интервалы отбора проб для всех участков проецируются на осадочную последовательность местонахождения 50. Седиментологический каротаж изменен по исх. 7. На карте кружками отмечены места отбора проб для анализа ДНК окружающей среды, абсолютного датирования захоронений и палеомагнетизма. Пронумерованные сайты относятся к предыдущим публикациям7,10,11,14,61.

0.25. For the initial Kraken 2 search, we used a coarse database created by the taxdb-integration workflow (https://github.com/aMG-tk/taxdb-integration) covering all domains of life and including a genomic database of marine planktonic eukaryotes63 that contain 683 metagenome-assembled genomes (MAGs) and 30 single-cell genomes (SAGs) from Tara Oceans77, following the naming convention in Delmont et al.63, we will refer to them as SMAGs. Reads labelled as root, unclassified, archaea, bacteria and virus were refined through a second Kraken 2 labelling step using a high-resolution database containing archaea, bacteria and virus created by the taxdb-integration workflow. We used the same Kraken 2 parameters and filtering thresholds as the initial search. Both Kraken 2 databases were built with parameters optimized for the study read length (--kmer-len 25 --minimizer-len 23 --minimizer-spaces 4)./p> 25 using samtools90. This produced 103,042, 39,306, 91,272, 182 and 129 reads for Salix, Populus, Betula, Elephantidae and Capreolinae, respectively./p> 200. To determine the approximate age of our recovered mastodon mitogenome we performed a molecular dating analysis with BEAST47 v1.10.4. We used two separate approaches when dating our mastodon mitogenome, as demonstrated in a recent publication92. First, we determined the age of our sequence by comparing against a dataset of radiocarbon-dated specimens (n = 13) only. Secondly, we estimated the age of our sequence including both molecularly (n = 22) and radiocarbon-dated (n = 13) specimens using the molecular dates previously determined92. We utilized the same BEAST parameters as Karpinski et al.92 and set the age of our sample with a gamma distribution (5% quantile: 8.72 × 104, Median: 1.178 × 106; 95% quantile: 5.093 × 106; initial value: 74,900; shape: 1; scale: 1,700,000). In short, we specified a substitution model of GTR+G4, a strict clock, constant population size, and ran the Markov Chain Monte Carlo chain for 50,000,000 runs, sampling every 50,000 steps. Convergence of the run was again determined using Tracer./p> 100). We also verified that the resulting MCC tree from TreeAnnotator47 had placed the ancient sequence phylogenetically identically to pathPhynder62 placement, which is shown in Extended Data Fig. 9. For our major results, we report the uniform ancient age prior, and the GTR+G4 model applied to each of the four partitions. The associated XML is given in Source Data 3. The 95% HPD was (2.0172,0.6786) for the age of the ancient Betula chloroplast sequence, with a median estimate of 1.323 Myr, as shown in Fig. 2./p>

2.0.CO;2" data-track-action="article reference" href="https://doi.org/10.1130%2F0091-7613%281985%2913%3C542%3AFAEFNG%3E2.0.CO%3B2" aria-label="Article reference 16" data-doi="10.1130/0091-7613(1985)132.0.CO;2"Article ADS Google Scholar /p>